tugas 1 aplikasi genomik

Document Details:
  • Uploaded: September, 20th 2015
  • Views: 173 Times
  • Downloads: 0 Times
  • Total Pages: 4 Pages
  • File Format: .docx
  • File size: 250.49 KB
  • Uploader: Fitri Utami Hasan
  • Category: Miscellaneous
 add to bookmark | report abuse
TUGAS 1
APLIKASI GENOMIK
Dikerjakan untuk memenuhi salah satu tugas Mata Kuliah
Aplikasi Genomik
Oleh,
Nama : Fitri Utami Hasan
NPM : 150320140505
PROGRAM STUDI AGRONOMI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS PADJADJARAN
JATINANGOR
2015
1. Gene adalah suatu unit instruksi untuk menghasilkan atau mempengaruhi suatu sifat
pewarisan tertentu yang terdiri dari DNA yang diselubungi dan diikat oleh protein.
2. Exon adalah urutan DNA yang mengkode informasi untuk sintesis protein yang
ditanskripsikan atau diterjemahkan menjadi RNA messenger. Masing-masing ekson each
of the exons terdiri dari bagian open reading frame (ORF) yang mengkode bagian spesifik
protein keseluruhan.
3. Intron adalah beberapa urutan basa nitrogen yang berada dalam suatu gen dihilangkan oleh
RNA splicing saat produk RNA dari suatu gen akan diteruskan untuk proses translasi
protein.
4. Transcription factor adalah protein yang mengikat urutan DNA spesifik, yang juga berarti
mengatur segala alur atau pencetak informasi genetik dari DNA menjadi mRNA. Tcription
factors menjalankan fungsinya sendiri ataupun berikatan dengan protein lainnya, dengan
membantu sebagai activator ataupun mencegah sebagai repressor rantai polimer RNA
menjadi gen spesifik.
5. Promoter adalah area DNA yang memicu transkripsi pada suatu bagian gen. Promoters
Promoter terletak dekat dengan gen yang akan dicetak, dalam satu rantai, dan pada bagian
upstream DNA (dimulai dengan ujung 3' area rantai anti-sense atau disebut juga cetakan
rantai dan rantai non-coding).
6. Enhancer adalah bagian terpendek di area DNA yang dapat berikatan dengan protein
untuk meningkatkan level transkripsi DNA dalam pengelompokkan gen. Walaupun
pemicu tersebut pada umunya merupakan cis, suatu pemicu tidak harus dari bagian
terdekat suatu gen dalam cara bekerjanya dan terkadang tidak harus berada dalam satu
kromosom.
7. Terminator adalah bagian urutan genetic yang menandakan akhir ujung gen atau operon
pada genomic DNA untuk transkripsi.
8. TATA box adalah urutan DNA yang menandakan titik urutan gen dapat terbaca dan
dikodekan.
9. Could you explain the differences between structural & functional genomics:
Structural genomics bertujuan untuk mengkarakterisasi dan menemukan keseluruhan
lokasi set gen dalam genom yang terdiri dari pemetaan gen, pengurutan DNA, dan
pengurutan anotasi, sedangkan functional genomics merupakan pengembangan dan
aplikasi pendekatan penelitian global (Genome-wide atau system-wide) untuk menilai
fungsi gen dengan memanfaatkan informasi yang tersedia dari structural genomics.
1 Aplikasi Genomik | Fitri Utami Hasan (150320140505)
Fungsional genomic ditujukan untuk mengetahui fungsi DNA pada tingkat gen, transkrip
RNA, dan produk protein.
10. What is the tools for assessing structural genomics?
Structural genomics dapat diketahui dengan Molecular Marker Technology atau Marka
Molekuler. Marka molekuler terbagi menjadi dua, yaitu marka molekuler berbasis PCR
(polymorphism chain reaction) dan yang tidak berbasis PCR. Marka molekuler berbasis
PCR contohnya RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), Microsatellite (SSR),
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), dan marka molekuler tidak berbasis
PCR, contohnya RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphisms).
11. What is the tools for assessing functional genomics?
Functional genomics dapat diketahui dengan menggunakan Internet resources for
genome analysis. Penggunaan EST (Expressed Sequence Tag) database banyak
digunakan dalam analisis functional genomics diantaranya :
- National Center for Biotechnology Information EST database :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html
- The Institute for Genome Research : http://www.tigr.org
- Arabidopsis database : http://genome-www.stanford.edu/Arabidopsis
- Arabidopsis ESTs : http://www.cbc.med.umn.edu/ResearchProjects/Arabidopsis/
- Arabidopsis genome sequencing :
http://genome-www.stanford.edu/Arabidopsis/AGI/AGI_links.html
- Intron prediction programs : GRAIL http://compbio.ornl.gov/tools/index.shtml ,
NetPlantGene http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/
- Arabidopsis stock centers : Nottingham http://nasc.nott.ac.uk/ ,
Ohio http://aims.cps.msu.edu/aims/
- Proteome database : General http://expasy.hcuge.ch/ch2d/2d-index.html
Arabidopsis plasma membrane http://sphinx.rug.ac.be:8080/
- Gene-expression database Yeast
http://cmgm.stanford.edu/pbrown/explore/index.html
Arabidopsis http://www.inra.fr/Versailles/BIOCEL/Filters
Selain itu functional genomics juga dapat diketahui dengan menggunakan Microarray
Chip Technology. Microarray Chip Technology merupakan teknologi lainnya yang
banyak digunakan untuk mengetahui ekspresi gen. Teknologi ini terus dikembangkan
untuk berbagai aplikasi genomik lainnya yaitu expression profiling. Penggunaan
microarray dalam expression proffiling dapat digunakan untuk mengatasi berbagai
permasalahan biologi. Database microarray yang dapat diakses melalui internet
diantaranya
- EBI (The ArrayExpress database) : http://ebi.ac.uk/arrayexpress/
- Affymetrix : http://www.affymetrix.com/products/Arabidopsis_content.html
- Monsanto : http://www.monsanto.com/arabidopsis/
- AFGC http://afgc.stanford.edu/
- GarNet : http://www.york.ac.uk/res/gamet/may.htm
- Rice transcriptional database http://microarray.rice.dna.affrc.go,jp
2 Aplikasi Genomik | Fitri Utami Hasan (150320140505)
12. DNA Genom adalah total DNA yang dimiliki oleh suatu individu, yakni DNA inti dan
DNA yang terdapat dalam organel, mitokondria dan plastid)
13. cDNA (Complementary DNA) adalah DNA yang dibuat berdasarkan sekuen mRNA.
cDNA ini merupakan jenis DNA yang digunakan untuk menggambarkan pustaka
informasi genetik.
14. qPCR (Quantitative Polymerase Chain Reaction) adalah suatu teknik pengerjaan PCR di
laboratorium untuk mengamplifikasi (memperbanyak) sekaligus menghitung
(kuantifikasi) jumlah target molekul DNA hasil amplifikasi tersebut. qPCR
memungkinkan dilakukannya deteksi dan kuantifikasi (sebagai nilai absolut dari hasil
perbanyakan DNA atau jumlah relatif setelah dinormalisasi terhadap input DNA atau
gen-gen penormal yang ditambahkan) sekaligus terhadap sekuens spesifik dari sampel
DNA yang dianalisa. Cara kerja qPCR mengikuti prinsip umum reaksi PCR yakni DNA
yang telah diamplifikasi dihitung setelah diakumulasikan dalam reaksi secara real time
sesudah setiap siklus amplifikasi selesai. Terdapat dua metode kuantifikasi yang umum
digunakan antara lain menggunakan zat pewarna fluoresensi yang akan terinterkalasi
dengan DNA rantai ganda (dsDNA) misalnya SyBr Green, dan probe (penanda) yang
berasal dari hasil modifikasi DNA oligonukleotida yang akan berpendar (flourensensi)
ketika terhibridisasi dengan DNA komplemen, misalnya probe FRET (Hybridisasi) dan
probe TaqMan.
15. RTPCR adalah Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction sebuat teknik
laboratorium yang biasanya digunakan dalam biologi molekular untuk menghasilkan
sejumlah gandaan bagian tertentu untai DNA atau yang dikenal dengan Amplifikasi.
Dalam RT-PCR, sebaliknya, untai RNA pertama-tama di transkrip balik menjadi cDNA
menggunakan enzim reverse transcriptase, dan cDNA yang dihasilkan akan digandakan
sepertihalnya PCR pada umumnya. RT-PCR meliputi tiga tahap utama, yakni tahap
pertama adalah reverse transcription (RT) atau transkripsi balik dimana RNA
ditranskrip balik menjadi cDNA menggunakan enzim reverse transcriptase dan primer.
Tahap berikutnya adalah denaturasi dsDNA pada temperatur 95°C, pada tahap ini dua
untai DNA akan terpisah dan primer dapat mengikat pada untai tersebut jika
temperaturnya diturunkan kemudian yang selanjutnya akan dimulai rantai reaksi baru.
Kemudian suhu diturunkan hingga mencapai suhu anealing yang bervariasi tergantung
primer yang digunakan. Tahap akhir adalah Amplifikasi PCR yang merupakan proses
dimana dilakukannya perpanjangan DNA menggunakan Primer yang memerlukan Taq
DNA polymerase yang termostabil, biasanya pada suhu 72°C, yang merupakan suhu
optimal untuk aktivitas enzim polymerase.
3 Aplikasi Genomik | Fitri Utami Hasan (150320140505)
Tags: