Alternatif Membuat Gambar 3 Dimensi Bentuk Molekul

Document Details:
  • Uploaded: March, 2nd 2015
  • Views: 486 Times
  • Downloads: 0 Times
  • Total Pages: 4 Pages
  • File Format: .pdf
  • File size: 155.83 KB
  • Uploader: amanda
  • Category: Miscellaneous
 add to bookmark | report abuse
Avogadro, Software Kimia
Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform
sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara fleksibel
dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang
terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan
Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini
sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB).
Tampilan yang bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.
Apa yang dapat dilakukan Avogadro?
Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau
PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
Inovatif auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun
dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
Embedded interpreter Python.
Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa
berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti
lebioh lanjut.
Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif,
perintah, dan skrip Python.
Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain,
input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul.
Software ini adalah hasil proyek komunitas dengan menyuguhkan kemajuan teknologi
tentang aplikasi kimia. Karena ukurannya yang sangat kecil dan tidak terlalu memerlukan
hardware dengan spek yang tinggi dan mahal maka sangat cocok digunakan saat pelajaran
kimia pada materi-materi tertentu, dapat digunakan secara langsung di kelas. Tentu kita harus
memahami berbagai seluk-beluknya. Ini adalah alternatif pembelajaran yang mengajak
mahasiswa/pelajar mengamati secara langsung proses dan sifat kimia suatu zat.
Ketika belum tersedia laboraturium, maka aplikasi ini dapat digunakan tanpa
memerlukan zat-zat kimia yang ada. Perangkat lunak ini menggambarkan bagaimana reaksi
zat kimia terjadi jika saling di campur atau di hubungkan.
[Chemsketch] Alternatif Membuat Gambar 3 Dimensi
Bentuk Molekul
Menggambar bentuk molekul agar menjadi lebih mudah dipahami oleh siswa maka
dapat menggunakan beberapa aplikasi yang umum digunakan dalam dunia kimia. Saya sudah
mencoba menggunakan Chemsketch dan Hyperchem. Hasilnya cukup memuaskan dan dapat
dibuat tampilan 3 dimensinya (3D), dapat dilakukan rotasi untuk memberikan gambaran yang
utuh.
Bagaimana membuatnya dan bagaimana menjadikannya bentuk molekul 3D. Berikut
langkah yang dapat ditempuh (saya misalkan membuat bentuk molekul CH4).
Dengan Chemsketch:
1. Buka aplikasi Chemsketch
2. Pada mode Structure klik Atom C yang ada di tool kiri, dan klik sekali pada area kerja
hingga menghasilkan rumus molekul CH4
3. Add explicite hydrogen dari menu Tools untuk membuat bentangan rumus struktur
(ups) atom pusat (C) belum nampak?
Seleksi rumus struktur, klik menu Tools dan pilih Strucutre Properties
maka akan muncul menu pop up dan pada tab Common beri centang All Show Carbons.
Maksudnya seperti pada gambar berikut
Jangan lupa seleksi (blok) rumus struktur CH4nya dulu yah.
4. Berikutnya adalah penting untuk melakukan Optimisasi strukture 3D. Caranya klik
menu Tools kemudian klik 3D structure optimization, kalau ada tawaran (klik yes untuk
menghilangkan atom H saat optimisasi 3D-nya.
5. Setelah itu Silahkan buka 3D Viewer Acd Lab dari Start menu.
6. Kembali beralihkan ke Chemsketch 2D untuk mengkopi 2D ke 3D.
Hasilnya langsung nampak seperti gambar berikut:
7. Selanjutnya kita merotasi untuk dapat menunjukkan berbagai properties bentuk
molekul seperti panjang ikatan dan sudut yang dibentuk oleh 3 buah atom dengan
Chemsketch ini.
Contoh kasus dalam hal perangkat lunak ini adalah ketika presentasi khususnya Kimia
Organik akan lebih membutuhkan bangun yang 3 Dimensi agar materi lebih jelas dan
imajinasi pun tergambarkan. Selain itu aplikasi ini memudahkan kita untuk mengingat dan
lebih menambah ilmu tentang struktur molekul kimia.
Kesimpulan :
Untuk zaman sekarang perangkat lunak atau perkembangan IT sangatlah penting
untuk semua kalangan, tidak hanya Ilmu komputer saja, namun hampir semua jurusan bahkan
prodi memiliki perangkat lunak masing-masing sesuai kegunaan dari prodi itu sendiri.
Bahkan sekarang semua dikuasai dengan software, karena sekarang komputer,laptop,
notbook bukan barang mewah lagi, lantaran sekarang adalah kebutuhan, maka sebagai
penikmat IT kita baiknya memanfaatkan dengan baik agar tidak terbuang percuma, contoh
kali ini yang saya paparkan adalah perangkat lunak dari Prodi Kimia, tentang Avogadro yang
dapat mereaksikan zat kimia tanpa menggunakan Laboratorium, dan alternatif membuat
gambar 3 dimensi bentuk molekul yang dapat kita lihat dan tanpa mengimajinasikan dengan
gambar yang jelas dan bentuk yang jelas.